在日本，出租车费用并不是以固定的价格来计算的，而是按照里程和时间来计费。通常情况下，起步价大约是4公里内的730日元（约人民币45元），之后每增加300米加收90日元左右（约人民币5.6元）。需要注意的是，这个价格可能因地区和公司而略有不同。

此外，在晚上10点到早上5点之间的深夜时段，会有额外的夜间附加费，通常是基本费用的20%左右。而且，如果遇到交通拥堵的情况，计费方式也会有所变化。在等待时间超过一定限度时，每分钟会加收一定金额，这可能会让总费用进一步上升。

因此，准确地回答“日本出租车一公里多少钱”这个问题其实并不容易，因为它受到很多因素的影响。但是，通过上述信息，您可以大致估算出从一个地方到另一个地方乘坐出租车的大概费用。